二级处理工艺流程为“调节池→生物氧化→接触消毒”。通过化粪池进入调节池。调节池前部设置自动格栅。调节池内设提升水泵，污水经提升后进入好氧池进行生物处理，医疗废物微波处理设备厂，好氧池出水进入接触池消毒，出水达标排放。调节池、生化处理池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运焚烧。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
医废暂存间也就是存放医疗废物的库房，需要达到如下要求：墙面：≥1米帖瓷砖。地面：防水及排水性能好，设地漏，新疆微波处理设备厂，铺瓷砖。冷藏冰箱：用于存放病理性废物。水池：需要设置2个：其中1个是洗手池，非手触水，可为长柄水；另1个为拖把池，水出水口处可以连接冲洗水管，新型医疗垃圾微波处理设备厂，便于进行冲洗。紫外线消毒灯管：根据房间的大小安装紫外线灯管，均匀分布即可。具体安装数量：1.5W/m3。
医疗废物交接实行院内接双联单制，医疗废物收集人员分别与临床工作人员和集中处置单位工作人员进行交接，各留存一联。登记内容为医疗废物的来源、种类、重量或者数量、交接时间、终去向以及经办人签名等项目。登记资料至少保存3年。病理性废物需低温保存，若放置在暂存处，需配备冰箱。每天运送工作结束后，医疗废物收集人员应当对运送工具及时进行清洁和消毒，做好记录。
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